Resources

PIC 関連資料

• プロトコール論文（STAR Protoc, 2022） PDF
  PIC の詳細プロトコールと、固定凍結切片や FFPE への応用も記載されています。
• 初出論文（Nat Commun, 2021） PDF
  PIC の原理や開発経緯が詳しく記載されています。
• 日本語 空間トランスクリプトーム技術の概論（実験医学 2021年9月号） PDF
  空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
• 日本語 PIC の紹介（実験医学 2021年9月号） PDF
  PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
• 日本語 PIC のプロトコール Excel
  PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
• 新鮮凍結切片の作り方 MOV¹ MOV^{2
  1}ドライアイス–イソペンタンの準備
  ²急速凍結のようす

ChIP-Atlas 関連資料

紹介

• 日本語 ChIP-Atlas の使い方（実験医学 2024年10月号） PDF
  ChIP-Atlas の使い方が詳述されています。
• 日本語 ChIP-Atlas の使われ方（JSBi Bioinform Rev, 2023） PDF
  ChIP-Atlas の活用事例について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究を中心に詳述されています。
• ChIP-Atlas のアップデート論文（Nucleic Acids Res, 2024） PDF プレスリリース (日本語)
  ChIP-Atlas に疾患 SNPs や Hi-C などのゲノム／エピゲノム機能注釈情報を追加しました。
• ChIP-Atlas のアップデート論文（Nucleic Acids Res, 2022） PDF
  ChIP-Atlas に ATAC-seq と Bisulfite-seq を追加しました。
• ChIP-Atlas の初出論文（EMBO Rep, 2018） PDF
  ChIP-Atlas のデータ処理方法や開発経緯が詳述されています。

応用

• 環境汚染物質が健康被害をもたらす機序の解明に活用した論文（Epigenetics Chromatin, 2023） PDF
  名古屋大の山西芳裕先生との共同研究で、環境中の汚染物質でクロマチン状態が変化するゲノム領域の上流因子を特定しました。
• 心房細動の発症メカニズム解明に活用した論文（Nat Genet, 2023） PDF
  理研の伊藤 薫先生との共同研究で、心房細動関連 SNPs に共通する上流制御転写因子を特定し、かつこれを実験的に証明しました。
• 薬物の作用機序の解明に活用した論文（BMC Bioinform, 2022） PDF
  九工大（当時）の山西芳裕先生との共同研究で、薬剤で発現変動する遺伝子の上流因子を特定しました。