Resources

PIC

Protocol Paper（STAR Protoc, 2022） PDF
Detailed PIC protocol, including its application to fixed frozen sections and FFPE tissues.
Original Paper（Nat Commun, 2021） PDF
A detailed explanation of the PIC’s principles and development background.
日本語 空間トランスクリプトーム技術の概論（実験医学 2021年9月号） PDF
空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
日本語 PIC の紹介（実験医学 2021年9月号） PDF
PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
日本語 PIC のプロトコール Excel
PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
Procedure for preparing fresh frozen tissues. MOV¹ MOV²
¹Preparation of dry ice–chilled isopentane.
²Rapid freezing of fresh tissues.

日本語 ChIP-Atlas の使い方（実験医学 2024年10月号） PDF
ChIP-Atlas の使い方が詳述されています。
日本語 ChIP-Atlas の使われ方（JSBi Bioinform Rev, 2023） PDF
ChIP-Atlas の活用事例について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究を中心に詳述されています。
Paper Describing ChIP-Atlas 2023 Update.（Nucleic Acids Res, 2024） PDF プレスリリース (日本語)
Integration of genomic and epigenomic level functional annotation data, such as disease-associated SNPs, eQTLs and cell type–specific Hi-C data.
Paper Describing ChIP-Atlas 2021 Update.（Nucleic Acids Res, 2022） PDF
Integration of ATAC-seq and Bisulfite-seq data.
Original Paper（EMBO Rep, 2018） PDF
The data processing procedures and development background of ChIP-Atlas.

Elucidating the mechanisms by which environmental pollutants cause health hazards.（Epigenetics Chromatin, 2023） PDF
In collaboration with Dr. Yoshihiro Yamanishi (Nagoya Univ), we identified upstream factors in genomic regions where chromatin states are altered by environmental pollutants.
Elucidating the mechanisms underlying atrial fibrillation.（Nat Genet, 2023） PDF
In collaboration with Dr. Kaoru Ito (RIKEN), we identified upstream regulatory TFs commonly bind to atrial fibrillation–associated SNPs and experimentally validated this finding.
Elucidating drug action modes.（BMC Bioinform, 2022） PDF
In collaboration with Dr. Yoshihiro Yamanishi (Kyutech at the time), we identified the upstream master regulators of drug-induced differentially expressed genes.