論文・著書アーカイブ

2026-04-13

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌にアクセプトされました！収録実験データの品質管理フレームワークや RNA-seq 上流解析のための新しいツールを実装しました。共同研究者である千葉大学の大田達郎先生、理研の粕川雄也先生に感謝を申し上げます。
2026-04-07

京都大学の大森孝一先生、大西弘恵先生らのグループとの共同研究論文が Nature Communication 誌に公開されました。鄒　兆南さんがマウス喉頭粘膜上皮に対する PIC RNA-seq を実施し、組織修復を担う幹細胞のマーカーを見出しました。UV 照射の様子はこちら。
2025-11-01

鄒兆南さんが共同執筆した「理論生物学事典」（朝倉書店）が刊行されました。
2025-10-12

大阪大学の石谷太先生らのグループとの共同研究論文が Aging Cell 誌に公開されました。超短寿命で知られるターコーズキリフィッシュの表皮幹細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、加齢に伴う遺伝子発現変化や、投薬による若返り遺伝子の発現を明らかにしました。UV 照射の様子はこちら。
2025-06-23

千葉大学の大田達郎さんらのグループとの共同研究論文が GigaScience 誌に公開されました。
2025-04-04

国立循環器病研究センターの新谷泰範先生らのグループとの共同研究論文が Science Advances 誌に公開されました。マウスの心筋におけるストレス応答マーカー陽性細胞または陰性細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、ストレス応答による心筋収縮や細胞呼吸にかかわる遺伝子の発現低下を明らかにしました。UV 照射の様子はこちら。
2025-01-07

名古屋市立大学の澤本和延先生らのグループとの共同研究論文が Frontiers in Neuroscience 誌に公開されました。本田瑞季さんがマウス脳の損傷部位に移動中の神経芽細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、TGFβ シグナルが更新していることを見出しました。UV 照射の様子はこちら。
2024-12-06

東京大学の加藤大志先生らのグループとの共同研究論文が Science Advances 誌に公開されました。木村龍一さんがムンプスウイルス感染で生じる封入体に対する PIC RNA-seq を実施し、G4 構造を持つ RNA が濃縮していることを見出しました。UV 照射の様子はこちら。本論文は東大と熊大の共同でプレスリリースしました。
2024-11-27

理研の粕川雄也先生らのグループとの共同研究論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。沖　真弥さんが開発した ChIP-Atlas と、粕川先生が開発した fanta.bio との連携が記載されています。
2024-09-30

鄒兆南さん、沖真弥さんの執筆記事が実験医学2024年10月号に掲載されました。最新アップデートに対応した、ChIP-Atlas の使い方を日本語で詳述しています。🔗Link
2024-07-31

名古屋市立大学の齋藤伸治先生らのグループとの共同研究論文が Brain 誌に公開されました。本田瑞季さんが神経変性疾患の遺伝子変異を有する脳オルガノイドに対する PIC RNA-seq を実施し、basal radial glia の形成にかかわる遺伝子が低下することを見出しました。
2024-05-16

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。🔗プレスリリース
2023-09-25

鄒兆南さん、吉村侑花さん（オキラボ卒業生）、沖真弥さんによる原著論文が Epigenetics & Chromatin 誌に掲載されました。
2023-06-03

鄒兆南さんによる、ChIP-Atlas の応用例を中心に日本語で詳述した総説が JSBi Bioinformatics Review 誌に掲載されました。
2023-01-19

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、共同研究論文が Nature Genetics 誌に掲載されました。本研究では世界最大規模の民族横断的GWASを実施し、新しい疾患感受性座位を同定しました。さらにChIP-Atlasのデータを用いた統合解析では、転写因子ERRgが心房細動の関連遺伝子の発現調整と関わることを明らかにしました。プレス発表はこちら。
2022-10-20

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas に関する和文記事が実験医学増刊号に掲載されました。
2022-06-25

本田瑞季さん、沖真弥さんによる、Photo-Isolation Chemistry (PIC) に関する和文記事が、生物工学会誌「創立100周年記念特別企画」に掲載されました。
2022-05-10

本田瑞季さんによる、Photo-Isolation Chemistry (PIC) のプロトコール論文が STAR Protocols 誌に公開されました。これまでの新鮮凍結切片だけでなく、ホルマリン固定した凍結・パラフィン切片の局所的かつ高深度トランスクリプトームが可能となりました。
2022-03-25

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。これにより、ChIP-seq データだけでなく、ATAC-seq と Bisulfite-seq などのエピゲノムデータも利活用できるようになりました。本研究にご尽力くださった DBCLS の大田達郎さんと九州大学の三浦史仁先生に深く感謝します。🔗ChIP-Atlas
2022-01-25

鄒兆南さん、沖真弥さんによる、薬剤の作用機序を大規模 ChIP-seq データで解明した論文が BMC Bioinformatics 誌に公開されました。貴重なアドバイスをくださった九州工業大学の山西芳裕先生と岩田通夫さんに感謝します。

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