オキラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

沖ラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

 

OKI Lab @Kyoto Univ

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Resource

PIC 関連資料

  • PIC のプロトコール論文(STAR Protoc, 2022)PDF
     PIC (Photo-Isolation Chemistry) の詳細プロトコールと、固定凍結切片や FFPE への応用も記載されています。
  • PIC の初出論文(Nat Commun, 2021)PDF
     PIC (Photo-Isolation Chemistry) の原理や開発経緯が詳しく記載されています。
  • 空間トランスクリプトーム技術の概論(実験医学 2021年9月号)PDF
     空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
  • PIC の紹介(実験医学 2021年9月号)PDF
     PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
  • PIC のプロトコール Excel
     PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
  • 新鮮凍結切片の作り方(ドライアイス-イソペンタンの準備)Movie
     新鮮凍結切片を作製するにあたり、ドライアイス-イソペンタンを準備します。
  • 新鮮凍結切片の作り方(急速凍結のようす) Movie
     新鮮凍結切片を作製するための急速凍結のようすです。

ChIP-Atlas 関連資料

  • ChIP-Atlas のアップデート論文(Nucleic Acids Res, 2022)PDF
     ChIP-Atlas に ATAC-seq と Bisulfite-seq を追加しました。
  • ChIP-Atlas の初出論文(EMBO Rep, 2018)PDF
     ChIP-seq 統合データベース、ChIP-Atlas のデータ処理方法や開発経緯が詳述されています。
  • ChIP-Atlas の使い方(実験医学増刊 2022年10月発行)PDF
     ATAC-seq と Bisulfite-seq データが追加された ChIP-Atlas の使い方が日本語で説明されています。
  • ChIP-Atlas の使い方(実験医学 2019年10月号)PDF
     ChIP-Atlas の使い方が日本語で詳述されています。
  • 薬の作用機序の解明に活用した論文(BMC Bioinform, 2022)PDF
     九工大の山西芳裕 先生との共同研究で、薬剤で発現変動する遺伝子の上流因子を特定しました。
  • ChIP-Atlas に関する講演動画(2021年 日本分子生物学会)Movie
     2021年の大幅アップデートで追加された Bisulfite-seq や ATAC-seq データの紹介と使い方を説明しています。

「多細胞」(代表:沖)
2019〜2022年度

「生命と化学」(代表:本田)2020〜2022年度

代表:沖
2020〜2022年度
基盤B(代表:沖)2019〜2021年度
基盤B特設(代表:沖)2018〜2020年度
萌芽(代表:本田)2019〜2020年度
若手(代表:木村)2019〜2021年度