オキラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

沖ラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

 

 

OKI Lab @ Kyoto Univ

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Resource

PIC 関連資料

  • PIC のプロトコール論文(STAR Protoc, 2022)PDF
     PIC (Photo-Isolation Chemistry) の詳細プロトコールと、固定凍結切片や FFPE への応用も記載されています。
  • PIC の初出論文(Nat Commun, 2021)PDF
     PIC (Photo-Isolation Chemistry) の原理や開発経緯が詳しく記載されています。
  • 空間トランスクリプトーム技術の概論(実験医学 2021年9月号)PDF
     空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
  • PIC の紹介(実験医学 2021年9月号)PDF
     PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
  • PIC のプロトコール Excel
     PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
  • 新鮮凍結切片の作り方(ドライアイス-イソペンタンの準備)Movie
     新鮮凍結切片を作製するにあたり、ドライアイス-イソペンタンを準備します。
  • 新鮮凍結切片の作り方(急速凍結のようす) Movie
     新鮮凍結切片を作製するための急速凍結のようすです。

ChIP-Atlas 関連資料

  • ChIP-Atlas のアップデート論文(Nucleic Acids Res, 2022)PDF
     ChIP-Atlas に ATAC-seq と Bisulfite-seq を追加しました。
  • ChIP-Atlas の初出論文(EMBO Rep, 2018)PDF
     ChIP-seq 統合データベース、ChIP-Atlas のデータ処理方法や開発経緯が詳述されています。
  • ChIP-Atlas の使い方(実験医学 2019年10月号)PDF
     ChIP-Atlas の使い方が日本語で詳述されています。
  • ChIP-Atlas の使われ方(JSBi Bioinform Rev, 2023)PDF
     ChIP-Atlas の使われ方について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究における活用事例を中心に日本語で詳述されています。
  • 環境汚染物質が健康被害をもたらす機序の解明に活用した論文(Epigenetics Chromatin, 2023)PDF
     名大の山西芳裕 先生との共同研究で、環境中の汚染物質でクロマチン状態が変化するゲノム領域の上流因子を特定しました。
  • 薬の作用機序の解明に活用した論文(BMC Bioinform, 2022)PDF
     九工大(当時)の山西芳裕 先生との共同研究で、薬剤で発現変動する遺伝子の上流因子を特定しました。
  • ChIP-Atlas に関する講演動画(2022年 日本分子生物学会年会)Movie
     Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合した ChIP-Atlas 2.0 を日本語で紹介しています。

「老化」 代表:沖
  2022〜2025年度

「生命と化学」 代表:本田
  2020〜2023年度
「生命現象と機能性物質」 代表:木村
  2023〜2025年度

学変A「生殖ライフスパン」計画班  代表:沖  2023〜2027年度
基盤研究(B)  代表:沖  2022〜2024年度
学変A「非ドメイン生物学」公募班  代表:木村  2022〜2023年度
基盤研究(C)  代表:木村  2022〜2024年度
若手研究  代表:本田  2022〜2023年度
外国人特別  代表:鄒  2023〜2024年度