オキラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

沖ラボ:京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

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Resource

PIC 関連資料

  • PIC のプロトコール論文(STAR Protoc, 2022)PDF
    PIC (Photo-Isolation Chemistry) の詳細プロトコールと、固定凍結切片や FFPE への応用も記載されています。
  • PIC の初出論文(Nat Commun, 2021)PDF
    PIC (Photo-Isolation Chemistry) の原理や開発経緯が詳しく記載されています。
  • 空間トランスクリプトーム技術の概論(実験医学 2021年9月号)PDF
    空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
  • PIC の紹介(実験医学 2021年9月号)PDF
    PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
  • PIC のプロトコール Excel
    PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
  • 新鮮凍結切片の作り方
    ドライアイス-イソペンタンの準備 Movie
    急速凍結のようす Movie

  • ChIP-Atlas 関連資料

    紹介

    • ChIP-Atlas の使い方(実験医学 2024年10月号)PDF
      ChIP-Atlas の使い方が日本語で詳述されています。
    • ChIP-Atlas の使われ方(JSBi Bioinform Rev, 2023)PDF
      ChIP-Atlas の使われ方について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究における活用事例を中心に日本語で詳述されています。
    • ChIP-Atlas のアップデート論文(Nucleic Acids Res, 2024)PDF プレスリリース
      ChIP-Atlas に疾患 SNPs や Hi-C などのゲノム/エピゲノム機能注釈情報を追加しました。
    • ChIP-Atlas のアップデート論文(Nucleic Acids Res, 2022)PDF
      ChIP-Atlas に ATAC-seq と Bisulfite-seq を追加しました。
    • ChIP-Atlas の初出論文(EMBO Rep, 2018)PDF
      ChIP-seq 統合データベース、ChIP-Atlas のデータ処理方法や開発経緯が詳述されています。

    応用

    • 環境汚染物質が健康被害をもたらす機序の解明に活用した論文(Epigenetics Chromatin, 2023)PDF
      名大の山西芳裕 先生との共同研究で、環境中の汚染物質でクロマチン状態が変化するゲノム領域の上流因子を特定しました。
    • 心房細動の発症メカニズム解明に活用した論文(Nat Genet, 2023)PDF
      理研の伊藤 薫 先生との共同研究で、心房細動関連 SNPs に共通する上流制御転写因子を特定し、かつこれを実験的に証明しました。
    • 薬の作用機序の解明に活用した論文(BMC Bioinform, 2022)PDF
      九工大(当時)の山西芳裕 先生との共同研究で、薬剤で発現変動する遺伝子の上流因子を特定しました。
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