All about PIC

• Protocol paper（STAR Protoc, 2022）PDF
  Detailed protocol for Photo-Isolation Chemistry (PIC) and its application to fixed-frozen and FFPE sections.
• Original paper（Nat Commun, 2021）PDF
  Developmental history and principles of Photo-Isolation Chemistry (PIC).
• 空間トランスクリプトーム技術の概論（実験医学 2021年9月号）PDF
  空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
• PIC の紹介（実験医学 2021年9月号）PDF
  PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
• PIC のプロトコール Excel
  PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
• Preparation of fresh frozen sections
  Preparation of dry ice–chilled isopentene Movie
  Rapid freezing of the tissue Movie

All about ChIP-Atlas

紹介

• ChIP-Atlas の使い方（実験医学 2024年10月号）PDF
  ChIP-Atlas の使い方が日本語で詳述されています。
• ChIP-Atlas の使われ方（JSBi Bioinform Rev, 2023）PDF
  ChIP-Atlas の使われ方について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究における活用事例を中心に日本語で詳述されています。
• 2021 update paper（Nucleic Acids Res, 2024）PDF プレスリリース
  ChIP-Atlas に疾患 SNPs や Hi-C などのゲノム／エピゲノム機能注釈情報を追加しました。
• 2021 update paper（Nucleic Acids Res, 2022）PDF
  Integrating of ATAC-seq and Bisulfite-seq data.
• First paper（EMBO Rep, 2018）PDF
  Primary data processing pipeline and developmental history of ChIP-Atlas.

応用

• Methodology for elucidating the mechanisms by which pollutants induce health damage using ChIP-Atlas（Epigenetics Chromatin, 2023）PDF
  In collaboration with Dr. Yamanishi (Nagoya U), we identified the upstream factors inducing differentially accessible regions in response to pollutants.
• 心房細動の発症メカニズム解明に活用した論文（Nat Genet, 2023）PDF
  理研の伊藤 薫 先生との共同研究で、心房細動関連 SNPs に共通する上流制御転写因子を特定し、かつこれを実験的に証明しました。
• Methodology for elucidating drug MoAs using ChIP-Atlas（BMC Bioinform, 2022）PDF
  In collaboration with Dr. Yamanishi (Kyutech), we identified "hub" factors organizing the expression of chemically induced genes.
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