Resource

All about PIC

Protocol paper（STAR Protoc, 2022）PDF
Detailed protocol for Photo-Isolation Chemistry (PIC) and its application to fixed-frozen and FFPE sections.
Original paper（Nat Commun, 2021）PDF
Developmental history and principles of Photo-Isolation Chemistry (PIC).
空間トランスクリプトーム技術の概論（実験医学 2021年9月号）PDF
空間トランスクリプトーム技術に関する日本初の体系的レビューです。
PIC の紹介（実験医学 2021年9月号）PDF
PIC の原理、活用例、特長などを紹介しています。
PIC のプロトコール Excel
PIC のための組織の透過処理、in situ 逆転写、光照射、ライブラリ調製までを詳細に記載しています。
Preparation of fresh frozen sections
Preparation of dry ice–chilled isopentene Movie
Rapid freezing of the tissue Movie

2021 update paper（Nucleic Acids Res, 2022）PDF
Integrating of ATAC-seq and Bisulfite-seq data.
First paper（EMBO Rep, 2018）PDF
Primary data processing pipeline and developmental history of ChIP-Atlas.
ChIP-Atlas の使い方（実験医学 2019年10月号）PDF
ChIP-Atlas の使い方が日本語で詳述されています。
ChIP-Atlas の使われ方（JSBi Bioinform Rev, 2023）PDF
ChIP-Atlas の使われ方について、創薬、再生医学、遺伝性疾患研究における活用事例を中心に日本語で詳述されています。
Methodology for elucidating the mechanisms by which pollutants induce health damage using ChIP-Atlas（Epigenetics Chromatin, 2023）PDF
In collaboration with Dr. Yamanishi (Nagoya U), we identified the upstream factors inducing differentially accessible regions in response to pollutants.
Methodology for elucidating drug MoAs using ChIP-Atlas（BMC Bioinform, 2022）PDF
In collaboration with Dr. Yamanishi (Kyutech), we identified "hub" factors organizing the expression of chemically induced genes.
ChIP-Atlas に関する講演動画（2022年日本分子生物学会年会）Movie
Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合した ChIP-Atlas 2.0 を日本語で紹介しています。