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ヒトやその他の多細胞生物は、多様な臓器や組織、細胞タイプから構成されます。しかし、全ての細胞が同じゲノムを持つのに、なぜそのような多様性が生み出されるのでしょうか？また三次元的に配置された細胞が、その場所によってなぜ異なる機能を示すのでしょうか？

その謎を解くための鍵となるのが 時空間的な遺伝子発現 です。オキラボでは PIC という技術を開発し、局所的に発現する遺伝子を網羅的に解明します。また、ChIP-Atlas というエピゲノミクス統合データベースを開発し、遺伝子発現の制御機構を明らかにします。また両者を融合した研究により、疾患の成り立ちの解明や創薬への応用をめざします。

Theme1

PICによる空間トランスクリプトーム解析

Theme2

ChIP-Atlasによる遺伝子制御機構の解明

Theme3

新技術とデータ解析を融合した応用研究

Research

News

2026-04-13
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌にアクセプトされました！収録実験データの品質管理フレームワークや RNA-seq 上流解析のための新しいツールを実装しました。共同研究者である千葉大学の大田達郎先生、理研の粕川雄也先生に感謝を申し上げます。
2026-04-07
京都大学の大森孝一先生、大西弘恵先生らのグループとの共同研究論文が Nature Communication 誌に公開されました。鄒　兆南さんがマウス喉頭粘膜上皮に対する PIC RNA-seq を実施し、組織修復を担う幹細胞のマーカーを見出しました。UV 照射の様子はこちら。
2026-04-01
前田信子さんがテクニカルスタッフとしてオキラボに加わりました！
2026-03-31
田上さんが3月をもって退職されました。2年間大変お世話になりました。今後のご健康と多幸をお祈りいたします！
2026-03-06
沖　真弥さん、鄒　兆南さんが京都大学で開催された企業向けセミナー「脱 Dry！脱写経！ゲノムインフォマティクス演習」にて講師を務めました。
2026-02-27
木村龍一さんが科研費（基盤 C）に採択されました！
2026-01-29
沖　真弥さんがタイで開催されたDouble Degree Program Conferenceで講演しました。
2025-12-05
第48回日本分子生物学会年会にて、鄒さんが招待講演し、Davidさん、Shuranさんがポスター発表しました。
2025-11-29
沖　真弥さんが第35回モロシヌス研究会で講演しました。
2025-11-20
沖　真弥さん、鄒　兆南さんが熊本大学でChIP-Atlasハンズオンセミナーを開催しました。
2025-11-18
鄒　兆南さんが東京理科大学創域理工学部で ChIP-Atlas ハンズオンセミナーを開催しました。
2025-11-16
沖　真弥さんが日本先天異常学会で講演しました。
2025-11-14
沖　真弥さんが第3回皮膚の研究について考える会で講演しました。
2025-11-11
沖　真弥さんがNikonアカデミックセミナーで講演しました。
2025-11-01
鄒兆南さんが共同執筆した「理論生物学事典」（朝倉書店）が刊行されました。
2025-10-12
大阪大学の石谷太先生らのグループとの共同研究論文が Aging Cell 誌に公開されました。超短寿命で知られるターコーズキリフィッシュの表皮幹細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、加齢に伴う遺伝子発現変化や、投薬による若返り遺伝子の発現を明らかにしました。UV 照射の様子はこちら。
2025-10-06
沖　真弥さんが第47回北海道大学獣医学学術交流基金群講演会で講演しました。
2025-09-19
沖　真弥さんがインドで開催されたInCoB 2025およびThe NCBS Seminarで講演しました。
2025-09-18
沖真弥さんが、AMED-CREST「性差・個人差の機構解明と予測技術の創出」領域に採択されました！
2025-07-24
沖　真弥さんが第48回日本神経科学大会で講演しました。
2025-07-18
沖　真弥さんがIRUDワークショップで講演しました。
2025-07-05
沖　真弥さんが第57回日本動脈硬化学会総会で講演しました。
2025-06-23
千葉大学の大田達郎さんらのグループとの共同研究論文が GigaScience 誌に公開されました。
2025-04-18
沖　真弥さんが第114回日本病理学会総会で講演しました。
2025-04-04
国立循環器病研究センターの新谷泰範先生らのグループとの共同研究論文が Science Advances 誌に公開されました。マウスの心筋におけるストレス応答マーカー陽性細胞または陰性細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、ストレス応答による心筋収縮や細胞呼吸にかかわる遺伝子の発現低下を明らかにしました。UV 照射の様子はこちら。
2025-03-14
沖　真弥さんがIRDA2025シンポジウムで講演しました。
2025-02-28
鄒兆南さんが科研費（若手研究）に採択されました！
2025-02-28
沖　真弥さん、鄒　兆南さんが京都大学で開催された企業向けセミナー「脱 Dry！脱写経！ゲノムインフォマティクス演習」にて講師を務めました。
2025-02-05
沖　真弥、鄒　兆南さんが埼玉県立がんセンター臨床腫瘍研究所で ChIP-Atlas ハンズオンセミナーを開催しました。
2025-01-30
沖　真弥さんが第7回 ExCELLS シンポジウムで講演しました。
2025-01-29
沖　真弥さんが熊本大学健康長寿代謝制御研究センターで講演しました。
2025-01-07
名古屋市立大学の澤本和延先生らのグループとの共同研究論文が Frontiers in Neuroscience 誌に公開されました。本田瑞季さんがマウス脳の損傷部位に移動中の神経芽細胞に対する PIC RNA-seq を実施し、TGFβ シグナルが更新していることを見出しました。UV 照射の様子はこちら。
2024-12-06
東京大学の加藤大志先生らのグループとの共同研究論文が Science Advances 誌に公開されました。木村龍一さんがムンプスウイルス感染で生じる封入体に対する PIC RNA-seq を実施し、G4 構造を持つ RNA が濃縮していることを見出しました。UV 照射の様子はこちら。本論文は東大と熊大の共同でプレスリリースしました。
2024-12-03
鄒　兆南さんが東京理科大学創域理工学部で ChIP-Atlas ハンズオンセミナーを開催しました。
2024-11-27
理研の粕川雄也先生らのグループとの共同研究論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。沖　真弥さんが開発した ChIP-Atlas と、粕川先生が開発した fanta.bio との連携が記載されています。
2024-11-25
沖　真弥さんが大阪大学超実践的バイオインフォマティクスセミナーで講演しました。
2024-10-23
鄒兆南さん、沖真弥さんが APBJC2024 にて講演しました。
2024-10-10
沖　真弥さんが日本人類遺伝学会第69回大会で講演しました。
2024-09-30
鄒兆南さん、沖真弥さんの執筆記事が実験医学2024年10月号に掲載されました。最新アップデートに対応した、ChIP-Atlas の使い方を日本語で詳述しています。🔗Link
2024-09-27
沖　真弥さんが東京歯科大学で講演しました。
2024-09-19
沖　真弥さんが第83回日本癌学会学術総会で講演しました。
2024-09-09
沖　真弥さんが第5回眼科オミックス研究会で講演しました。
2024-09-09
沖　真弥さんが第5回眼科オミックス研究会で講演しました。
2024-09-05
沖　真弥さんが JASIS2024 で講演しました。
2024-08-28
沖　真弥さんが The 201st Scienc-ome で講演しました。
2024-08-02
沖　真弥さん、鄒　兆南さんが早稲田大学先進理工学部で ChIP-Atlas ハンズオンセミナーを開催しました。
2024-07-31
名古屋市立大学の齋藤伸治先生らのグループとの共同研究論文が Brain 誌に公開されました。本田瑞季さんが神経変性疾患の遺伝子変異を有する脳オルガノイドに対する PIC RNA-seq を実施し、basal radial glia の形成にかかわる遺伝子が低下することを見出しました。
2024-07-18
沖　真弥さんが第76回日本細胞生物学会大会で講演しました。
2024-06-27
沖　真弥さんが千里ライフサイエンス技術講習会で講演しました。
2024-05-28
沖　真弥さんが scChmeRISC 2024 で講演しました。
2024-05-24
沖　真弥さんが第21回幹細胞シンポジウムで講演しました。
2024-05-21
沖真弥さんが熊本大学発生医学研究所で講演しました。
2024-05-17
沖真弥さん、鄒兆南さんが金沢大学で ChIP-Atlas ハンズオンセミナーを開催しました。
2024-05-16
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。🔗プレスリリース
2024-05-11
沖　真弥さんが筋・骨・リウマチ３学会合同若手研究会で講演しました。
2024-05-10
沖真弥さんが創価大学糖鎖生命システム融合研究所第23回コロキウムで招待講演しました。
2024-05-08
沖真弥さんが熊本大学薬学部で特別講演しました。
2024-05-07
下川理沙さん（熊大・産婦人科）がオキラボに加わりました。
2024-04-22
鄒兆南さんが熊本大学第21回NGS座談会で講演しました。
2024-04-01
田上さん（テクニカルスタッフ）と國武さん（秘書）がオキラボに加わりました。
2024-04-01
オキラボは熊本大学生命資源研究支援センターに移転しました。
2023-12-01
学変 A「生殖ライフスパン」Next Generation Scientist meeting 2023 にて、本田さん、木村さん、鄒さんが講演しました。
2023-11-02
第96回日本生化学会大会にて、沖さん、本田さん、木村さんが招待講演、鄒さんがポスター発表しました。
2023-09-25
鄒兆南さん、吉村侑花さん（オキラボ卒業生）、沖真弥さんによる原著論文が Epigenetics & Chromatin 誌に掲載されました。
2023-09-19
木村龍一さんが、JST ACT-X「生命現象と機能性物質」研究開発領域に採択されました。
2023-09-10
鄒兆南さんが、IIBMP2023で招待講演しました。
2023-08-19
沖真弥さんが、第9回日本筋学会学術集会で招待講演しました。
2023-08-01
沖真弥さんは熊本大学生命資源研究支援センター教授（兼任）に就任しました。
2023-07-25
沖真弥さんが、第56回日本発生生物学会大会で招待講演しました。
2023-06-22
沖真弥さんが、学術変革領域研究(A)適応回路センサス第3回領域会議で招待講演しました。
2023-06-19
沖真弥さんが、第16回日本エピジェネティクス研究会年会で講演しました。
2023-06-03
鄒兆南さんによる、ChIP-Atlas の応用例を中心に日本語で詳述した総説が JSBi Bioinformatics Review 誌に掲載されました。
2023-05-10
沖真弥さんが、ACT-X「生命と化学」主催：第 1 回研究者交流会議で講演しました。
2023-04-13
本田瑞季さんが、広島大学統合生命科学研究科セミナーで講演しました。
2023-03-30
沖真弥さんが、IMGC 2023 RIKEN Symposium で講演しました。
2023-03-24
鄒さん（博士後期課程）と吉村さん（修士課程）が学位を取得しました。オキラボ初の卒業生です。おめでとうございます！
2023-03-16
沖真弥さんが、第100回日本生理学会大会で講演しました。
2023-01-25
本田瑞季さんが、第39回日本毒性病理学会総会及び学術集会で講演しました。
2023-01-19
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、共同研究論文が Nature Genetics 誌に掲載されました。本研究では世界最大規模の民族横断的GWASを実施し、新しい疾患感受性座位を同定しました。さらにChIP-Atlasのデータを用いた統合解析では、転写因子ERRgが心房細動の関連遺伝子の発現調整と関わることを明らかにしました。プレス発表はこちら。
2023-01-17
沖真弥さんが、東北大学分子代謝病態学Webセミナーで講演しました。
2022-12-17
鄒兆南さんが、日本学術振興会外国人特別研究員（一般）に採択されました！
2022-12-15
沖真弥さんが、第67回日本人類遺伝学会で講演しました。
2022-12-02
本田瑞季さん、鄒兆南さん（講演動画はこちら）、沖真弥さんが、それぞれ第45回日本分子生物学会で講演しました。
2022-11-17
鄒兆南さんが、第42回医療情報学連合大会で講演しました。
2022-11-15
沖真弥さんが、ExCELLS セミナーで講演しました。
2022-10-20
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas に関する和文記事が実験医学増刊号に掲載されました。
2022-10-19
鄒兆南さんと沖真弥さんが、NGS EXPO 2022で講演しました。
2022-10-11
沖真弥さんが、東京慈恵会医科大学「医学研究の基礎を語り合う集いで」講演しました。
2022-10-01
本田瑞季さんが、第81回日本癌学会学術総会で講演しました。
2022-09-20
沖真弥さんが、AMED PRIME 老化研究開発領域に採択されました。
2022-08-30
沖真弥さんが、シングルセルゲノミクス研究会2022で講演しました。
2022-08-04
沖真弥さんが、株式会社セツロテックコラボWebセミナー特別編で講演しました。講演動画はこちら
2022-07-21
沖真弥さんが、第25回小児心血管分子医学研究会で講演しました。
2022-07-06
沖真弥さんが、徳島大学医学研究科セミナーで非常勤講師として講義しました。
2022-06-30
沖真弥さんが、京都大学先端バイオメディシン解析技術室シンポジウム「最先端機器を使った疾患システムバイオロジー研究の最前線　第２弾」で講演しました。
2022-06-29
沖真弥さんが、第74回日本細胞生物学会大会で講演しました。
2022-06-25
本田瑞季さん、沖真弥さんによる、Photo-Isolation Chemistry (PIC) に関する和文記事が、生物工学会誌「創立100周年記念特別企画」に掲載されました。
2022-06-21
鄒兆南さんが京都大学医学部教育研究支援基金 (KMS-FUND) 研究支援金に採択されました。
2022-06-18
木村龍一さんが学術変革 A 「非ドメイン生物学」の公募班に採用されました。
2022-06-11
鄒兆南さんが第 4 回日本メディカル AI 学会学術集会で講演し、日本メディカル AI 学会奨励賞 (優秀一般演題賞) を受賞しました！
2022-06-01
木村龍一さんが第4回タタバイオ分子クラブで講演しました。
2022-05-14
鄒兆南さんが Chinese Genomics Meet-up Online で講演しました。
2022-05-10
本田瑞季さんによる、Photo-Isolation Chemistry (PIC) のプロトコール論文が STAR Protocols 誌に公開されました。これまでの新鮮凍結切片だけでなく、ホルマリン固定した凍結・パラフィン切片の局所的かつ高深度トランスクリプトームが可能となりました。
2022-04-20
沖真弥さんが、企業向けセミナー脱Dry！脱写経！ゲノムインフォマティクス演習を開催しました。３日間に渡り、ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq の解析術を身につけていただくハンズオンセミナーで、大変ご好評をいただきました。プロデュースしていただいた京都大学KUMBLの皆様に感謝いたします。
2022-03-28
沖真弥さんが第127回日本解剖学会で講演しました。
2022-03-25
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、ChIP-Atlas アップデート論文が Nucleic Acids Research 誌に公開されました。これにより、ChIP-seq データだけでなく、ATAC-seq と Bisulfite-seq などのエピゲノムデータも利活用できるようになりました。本研究にご尽力くださった DBCLS の大田達郎さんと九州大学の三浦史仁先生に深く感謝します。🔗ChIP-Atlas
2022-02-28
スタッフ全員、それぞれ科研費の採択をいただきました（沖、木村、本田）。
2022-02-10
沖真弥さんが東京大学理学系研究科生物情報科学科黒田研セミナーで講演しました。
2022-02-01
沖真弥さんが基礎生物学研究所・新規モデル生物開発センター・テクニカルワークショップで講演しました。
2022-01-25
鄒兆南さん、沖真弥さんによる、薬剤の作用機序を大規模 ChIP-seq データで解明した論文が BMC Bioinformatics 誌に公開されました。貴重なアドバイスをくださった九州工業大学の山西芳裕先生と岩田通夫さんに感謝します。
2022-01-20
沖真弥さんが JST-CRDS 俯瞰ワークショップで講演しました。
2021-12-27
鄒兆南さんが日本学術振興会特別研究員（DC2）に採択されました！おめでとうございます！
2021-12-16
本田瑞季さんが名古屋市立大学第14回IBSセミナーで講演しました。
2021-12-10
鄒兆南さんが「JST 次世代研究者挑戦的研究プログラム」京都大学大学院教育支援機構奨励研究員に採択されました。
2021-12-01
沖さんと木村龍一さんが第44回日本分子生物学会年会にて講演しました。また、本田瑞季さん、鄒兆南さん、吉村侑花さんがポスター発表しました。沖さんの講演動画はこちら。
2021-11-30
沖真弥さんが奈良先端大学院大学講義「バイオサイエンスにおけるビッグデータ」で講義しました。
2021-11-22
沖さんが JST・理研共催バイオ DX シンポジウムで講演しました。
2021-10-27
鄒兆南さんが CBI 学会 2021 年大会で口頭発表しました。
2021-10-13
沖さんが熊本大学リエゾンラボ研究会・HIGO最先端研究セミナーで講演しました。
2021-10-05
鄒さんと沖さんが ChIP-Atlas をメジャーアップデートし、Bisulfite-seq と ATAC-seq データの閲覧や統合解析が可能になりました。共同開発者のDBCLS の大田達郎さん、九大の三浦史仁先生に感謝いたします。
2021-10-05
鄒兆南さんがトーゴーの日 2021 でポスター発表しました。
2021-10-01
本田瑞季さんが第64回日本神経化学会大会で口頭発表しました。
2021-09-28
鄒兆南さんが IIBMP 2021 でポスター発表しました。
2021-09-27
沖真弥さんが、京都大学医学研究科の大学院教育「神経科学教育コース」で講演しました。
2021-08-27
沖真弥さんが日本生物工学会・関東支部フォーラムで招待講演しました。
2021-08-20
沖さんが、九大の大川恭行先生と共同企画した、実験医学「空間トランスクリプトーム」特集号が刊行されました。本田さんがPICの原理や結果について詳述しています。
2021-07-21
本田さんの PIC に関する論文がNature Communications誌に公開されました。
2021-06-12
鄒兆南さんが第3回日本メディカルAI学会学術集会で口頭発表しました。
2021-06-11
平安神宮にお祓いと神頼みに行きました。
2021-04-27
オキラボが南部総合研究棟に引っ越しました。
2021-04-01
吉村さん（大学院生）がオキラボに加わりました。
2021-03-29
鄒兆南さんが第141回日本薬学会年会で口頭発表しました。
2021-03-26
沖さんが第85回日本循環器学会学術集会で招待講演しました。
2021-03-08
鄒兆南さんが第94回日本薬理学会年会で口頭発表しました。
2021-02-19
本田さんが早稲田大学で講演会を行いました。
2020-12-18
鄒兆南さんが新学術領域研究「個性」創発脳第5回領域会議で口頭発表しました。
2020-12-04
本田さんが第43回日本分子生物学会のワークショップで発表しました。
2020-12-03
鄒兆南さんが第43回日本分子生物学会年会でポスター発表しました。
2020-12-02
沖さんが第43回日本分子生物学会年会で招待講演しました。
2020-09-18
本田さんが JST ACT-Xに採択されました。
2020-09-10
沖さんが京都大学産学情報交流会で講演しました。
2020-09-02
鄒兆南さんが IIBMP 2020 でポスター発表し、ポスター賞を受賞しました。
2020-09-01
沖さんが IIBMP2020 で招待講演しました。
2020-08-27
鄒兆南さんが生命情報科学若手の会第12回研究会でポスター発表しました。
2020-08-21
鄒兆南さんが第50回日本神経精神薬理学会年会で口頭発表しました。
2020-04-01
オキラボがスタートしました！

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